O Conselho Administrativo do Serviço Nacional de Aprendizagem do Cooperativismo no Estado de Santa Catarina (SESCOOP/SC) é o órgão máximo de administração estadual, responsável por difundir e implementar as políticas, diretrizes, programas, projetos e normativos da instituição. É composto por cinco membros titulares e quatro suplentes, com mandato de quatro anos.
Dentre as principais atribuições do Conselho Administrativo, estão: fixar a política de atuação do SESCOOP/SC e estabelecer as normas operacionais que regerão suas atividades; deliberar sobre a aprovação dos planos anuais de trabalho, assegurando que estejam alinhados às diretrizes nacionais; e deliberar sobre a aprovação de propostas e reformulações orçamentárias, bem como as demonstrações contábeis do SESCOOP/SC.
O Conselho Fiscal do Serviço Nacional de Aprendizagem do Cooperativismo no Estado de Santa Catarina (SESCOOP/SC) atua na supervisão financeira e administrativa da instituição. Entre suas principais funções, estão: acompanhar e fiscalizar a execução financeira, orçamentaria e os atos de gestão; examinar e emitir pareceres sobre o balanço geral e as demonstrações financeiras; indicar, entre seus pares, um presidente e um secretario para coordenar e relatar as atividades; e examinar e emitir parecer sobre o relatório de gestão anual do SESCOOP/SC.